طایفه ای ادعا دارد که جد آنها خان بزرگی بوده که عاشق دختر زیبای حاکم (استاندار) اصفهان می شود به همین علت ابتدا در بالای این تپه صعب العبور محل های خفا و ایمن احداث ، بعد اقدام به دزدیدن دختر حاکم اصفهان می کند و آن را با خود به این نقطه می آورد در تعقیب وی مدتها این نقطه توسط نیروهای حاکم اصفهان محاصره می گردد اما به دلیل آذوقه کافی و وجود نگهبانان و صعب العبور بودن تپه ، نیروهای حاکم اصفهان موفق به آزادنمودن دختر حاکم نمی شوند تا این که به ترفندی محمد جعفر تطمیع و از تخت به زیر کشیده می شود و به دار مجازات آویخته می شود .

بعد از مرگش از همسر وی دختری به دنیا می آید که نامش را صنمبر می نهند به میمنت تولد این طفل چشمه ای که در کنار آن ، همسر محمد جعفر زایمان می کند (چشمه صنمبر) نامگذاری می شود (چشمه صنمبر در دامنه غربی کوه بیدک در ضلع شمالی تخت ملاجعفر قرار دارد) عده ای از اهالی نیر عقیده دارند که محمد جعفر یک راهزن و سارق بوده که اموال کاروانان عبوری از منطقه را غارت و به این نقطه امن می آورده و در این نقطه مخفی و نگهداری می کرده است.

سنگ نوشته ای در تپه محمدجعفر- تصویر از اقای متوسلی

دلیل نامگذاری این تپه به نام محمد جعفر یا ملاجعفر رازیست که قابل تحقیق و بررسی نیست و دلایل نامگذاری اقسانه ای مردم محل هم ، ساخته و پرداخته ذهنیتهای خیالی بعضی از افراد و طایفه های محلی است و مبنای تاریخی و سندیتی علمی ندارد و کاوشهای علمی و باستان شناسی بر روی این تپه کلیه داستان های خیالی و افسانه های محلی را بی اعتبار می کند در حفاری هایی که توسط قاچاقچیان عتیقه جات در منطقه صورت گرفته تاکنون سکه های دوره شاهپور ذوالاکتاف و سکه های دوره هخامنشی کشف شده که در سال 76 حدود هزار سکه از آنها توسط مأمورین محیط زیست منطقه حفاظت شده موته از قاچاقچیان کشف ، ضبط و تحویل اداره کل میراث فرهنگی استان اصفهان گردید.